公司治理架構組織圖
本公司執行公司治理制度以保障股東權益為最大目標，並公平對待所有股東。
本公司設有董事會，為公司治理架構最高治理單位，決定公司經營方向、承擔營運風險。設置「審計委員會」，提升監督效果，增進公司治理及維護公司少數股東的權益，改善內部控制的有效性。設置「薪酬委員會，」制定及審查公司董事和經理人的薪酬政策，建立健全的薪酬管理制度，完善公司治理架構。為增進永續經營，亦設有「企業永續委員會」，負責督導企業永續政策、制度或相關管理方針之落實。
在總經理之下設有風險管理委員會、資訊安全管理委員會，以強化本公司風險管理及資安管理，此外設有行政部、會計部、財務部、業務部、工務部、船務部及職業安全衛生室等營運部門，採網絡式的扁平化組織管理，提高信息傳遞及工作效率。
遴選董事時，依相關章程採取累積投票制度及候選人提名制度，並由董事會就股東或董事提名之董事候選人名單，檢視確認是否符合《公司法》第192條之1第5項之規定，再將名單提供予股東參考，俾於股東會上選出適任之董事。
另外依董事會成員多元化政策，董事整體應具經營管理、領導決策、產業知識、財務會計、國際市場觀、危機處理、環保與氣候變遷、永續經營等多元化核心能力，以利達到公司治理之理想目標。本屆(第19屆)董事於2022年6月改選，新任董事共有11位董事(含3位獨立董事)，任期從2022年6月8日到2025年6月7日止。
公司治理制度評量認證
裕民航運通過社團法人中華公司治理協會「CG6005公司治理制度評量」評鑑