裕民設有董事會，決定公司經營方向，承擔營運風險。於 2019 年 6 月設置審計委員會取代監察人制度，提升監督效果，增進公司治理及維護公司少數股東的權益，改善內部控制的有效性。另設有獨立薪酬委員會，制定及審查公司董事和經理人員的薪酬政策，建立健全的薪酬管理制度，完善公司治理架構。總經理之下設有行政部、會計部、財務部、業務部、工務部、船務部及職業安全衛生室等部門。採網絡式的扁平化組織管理，提高信息傳遞及工作效率。
裕民遴選董事時，秉持董事會成員多元化政策，董事整體應具營運判斷、會計及財務分析、經營管理、危機處理、產業知識、國際市場觀、領導及決策等能力。上屆董事於 2019 年 6 月屆期改選，新任（第 18 屆）董事共有 11 位董事（含 3 位獨立董事）。此屆任期從 2019 年 6 月 13 日到 2020 年 6 月 12 日。
公司治理制度評量認證
裕民航運通過社團法人中華公司治理協會「CG6005公司治理制度評量」評鑑